Logo após o nascimento de Naruto, seu pai, o Quarto Hokage, selou a perigosa Raposa de Nove Caudas^[3](Kyuubi, no original japonês) no corpo de seu filho e acabou morto, junto de sua esposa Kushina, deixando Naruto sem uma família. Por ser o hospedeiro de tal demônio, os habitantes de Konoha sempre hostilizaram Naruto. Por isso, ele nunca foi alvo de atenção ou amor durante sua infância. Desejando o que lhe faltou até o momento, Naruto sonha em se tornar Hokage, para que os habitantes do vilarejo o respeitem. Naruto possui uma determinação muito forte, sempre confiante e seguro de que pode alcançar qualquer objetivo. Apesar de nem sempre conseguir cumprir suas tarefas, os esforços de Naruto se mostram frutíferos conforme a série avança: muitos personagens concluem que Naruto um dia será um excelente Hokage. Desde pequeno, Naruto faz piadas para chamar atenção. Em alguns momentos, ele se transforma em uma mulher nua para ridicularizar quem o aborrece. Isso faz seu pupilo, Konohamaru Sarutobi, imitar suas técnicas e piadas.

Por vezes, a determinação de Naruto faz os que convivem com ele adotarem algumas de suas características. Através de sua habilidade de mudar os outros, Naruto conquista as amizades que não teve na infância. Dos diversos laços que forma, os dois mais proeminentes são os que tem com seus companheiros de time: Sasuke Uchiha e Sakura Haruno. Com Sasuke, Naruto partilha um relacionamento altamente competitivo, similar ao comportamento de dois irmãos. Mesmo quando Sasuke trai Naruto e o resto de Konoha, Naruto mantém seu afeto pelo mesmo, respondendo prontamente quando alguém o ofende. Naruto apresenta uma profunda dedicação a Sakura, graças à atração que sentia por ela em anos atrás. Ele se mostra disposto a fazer o que for preciso para fazê-la feliz, jurando que trará Sasuke de volta pelo bem dela.

Como personagem principal da série, Naruto normalmente tem um papel de destaque nos episódios. No início da história, Naruto se concentra em melhorar suas habilidades ninja e em alcançar seus próprios objetivos, enquanto os eventos principais ocorrem em outros locais. Após a invasão da Aldeia da Folha, Naruto tem contato com a Akatsuki, uma organização criminosa que tem como meta remover a Raposa de Nove Caudas de seu corpo. Mesmo depois que Jiraiya expulsa a gangue, as interações de Naruto com a Akatsuki se tornam um conflito central da história. Somente depois que Sasuke decide abandonar a Aldeia da Folha é que Naruto toma um papel de liderança no enredo, se juntando a um time ninja dedicado a impedir que Sasuke se alie às forças inimigas. Naruto e Sasuke posteriormente se enfrentam, mas não têm coragem de eliminar um ao outro. Os dois seguem seus próprios caminhos, mas Naruto não desiste de Sasuke e parte com Jiraiya em treinamento para se preparar para seu próximo encontro.

Após retornar do treinamento, Naruto passa a lidar mais diretamente com os ataques da Akatsuki. Ele consegue salvar Gaara e depois auxilia na queda de Kakuzu. Depois que descobre que Jiraiya foi morto por Pein, líder da Akatsuki, volta a treinar até conseguir derrotar todos os seis corpos de Pein e convencer Nagato, o Pein real, a deixar a Akatsuki. Naruto continua ainda a encontrar Sasuke e trazê-lo de volta. Ele e seu time conseguem localizá-lo, mas a rápida evolução de Sasuke o transforma em um oponente que o time não é capaz de enfrentar. Após descobrir que Sasuke se afiliou à Akatsuki e ter acesso à verdade sobre o passado do amigo, Naruto decide enfrentar Sasuke sozinho. Nos recentes capítulos do mangá, após a morte de Pain para a restauração da vida em Konoha, Uchiha Madara, que usa o codinome "Tobi" vai atras de Konan, a fim de descobrir onde esta o corpo de Nagato(Pain), a fim de obter os olhos do Rinnengan e ao encontrar o corpo diz que Nagato usou tanto seus poderes que "até os cabelos vermelhos, marca do clã Uzumaki, embranqueceram", deixando no ar uma questão de parentesco entre Pain e Naruto, apesar do Naruto ser loiro, sua mãe, Kushina, tinha os cabelos vermelhos, porque tanto a mãe de Nagato e Kushina eram parecidas, idênticas.

Após retornar do treinamento, Naruto passa a lidar mais diretamente com os ataques da Akatsuki. Ele consegue salvar Gaara e depois auxilia na queda de Kakuzu. Depois que descobre que Jiraiya foi morto por Pein, líder da Akatsuki, volta a treinar até conseguir derrotar todos os seis corpos de Pein e convencer Nagato, o Pein real, a deixar a Akatsuki. Naruto continua ainda a encontrar Sasuke e trazê-lo de volta. Ele e seu time conseguem localizá-lo, mas a rápida evolução de Sasuke o transforma em um oponente que o time não é capaz de enfrentar. Após descobrir que Sasuke se afiliou à Akatsuki e ter acesso à verdade sobre o passado do amigo, Naruto decide enfrentar Sasuke sozinho. Nos recentes capítulos do mangá, após a morte de Pain para a restauração da vida em Konoha, Uchiha Madara, que usa o codinome "Tobi" vai atras de Konan, a fim de descobrir onde esta o corpo de Nagato(Pain), a fim de obter os olhos do Rinnengan e ao encontrar o corpo diz que Nagato usou tanto seus poderes que "até os cabelos vermelhos, marca do clã Uzumaki, embranqueceram", deixando no ar uma questão de parentesco entre Pain e Naruto, apesar do Naruto ser loiro, sua mãe, Kushina, tinha os cabelos vermelhos, porque tanto a mãe de Nagato e Kushina eram parecidas, idênticas.