Naruto foi lançado na revista da Shueisha Weekly Shonen Jump em 1999.^[20] Os primeiros 238 capítulos são conhecidos como "Parte 1", e constituem a primeira parte da história de Naruto. Os capítulos 239 a 244 são uma série gaiden focalizando o histórico do personagem Hatake Kakashi. Todos os capítulos subsequentes pertencem a "Parte 2", que continua a história, se passando três anos depois. O mangá também lançou algumas histórias extras, se focando no personagem Rock Lee, até agora com dois capítulos.

A adaptação para inglês do mangá Naruto é licenciado pela Viz e publicado na versão da Viz da revista Shonen Jump. Para compensar a diferença de lançamento entre as versões em japonês e inglês, a Viz anunciou a campanha "Naruto Nation", onde seriam lançados três volumes por mês nos últimos quatro meses de 2007.^[21]

Cammie Allen, gerente de produtos da Viz, comentou que "Nosso maior motivo [para acelerar o calendário] é alcançar o calendário de lançamentos do Japão para dar aos nossos leitores uma experiência similar aos dos leitores do Japão".^[21] Uma campanha similar está planejada para 2009, com onze volumes da Parte 2 sendo lançados entre Fevereiro e Abril. Começando com o lançamento do volume 45 em Julho, a Viz vai começar a lançar Naruto quinzenalmente^[22]

Até Maio de 2008, 42 tankōbon foram lançados pela Shueisha no Japão, sendo os primeiros 27 pertencendo a "Parte 1", e os outros quinze a "Parte 2". O primeiro tankōbon foi lançado em 3 de Março de 2000^[23] e o tankōbon 44 lançado em 4 de Novembro de 2008. Além disso, quatro tankōbon, cada um contendo um animangá baseado em um dos quatro primeiros filmes de Naruto foram lançados pela Shueisha.

Viz já lançou 30 volumes da adaptação em inglês do mangá. Além disso, Viz Media lançou todos os vinte e sete volumes em um "box", assim constituindo toda a "Parte 1" da história de Naruto em 13 de Novembro de 2007.